| 序号 | 依托学院 | 科研机构名称 | 级别 | 批准单位 | ||
| 1 | 物电学院 | 中科院理论物理研究所闽江理论物理协作中心 | 省级 | 中科院理论物理研究所 | ||
| 2 | 福建省海洋传感功能材料重点实验室 | 省级 | 省科技厅 | |||
| 3 | 福建省船舶智能航行安全控制工程研究中心 | 省级 | 省发改委 | |||
| 4 | 海洋智能船舶装备福建省高校工程研究中心 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 5 | 先进运动控制福建省高校重点实验室 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 6 | 计算机学院 | 福建省信息处理与智能控制重点实验室 | 省级 | 省科技厅 | ||
| 7 | 数字福建智能化生产物联网实验室 | 省级 | 省发改委 | |||
| 8 | 省级产学研合作示范基地 | 省级 | 省科技厅 | |||
| 9 | 面向智能化生产的新一代信息技术协同创新中心 | 省级 | 省教育厅 | |||
| 10 | 福建省心理健康人机交互技术研究中心 | 省级 | 省科技厅 | |||
| 11 | 智慧海渔与智能生产新一代信息技术联合研发中心 | 省级 | 省科技厅 | |||
| 12 | 电子信息与控制福建省高校工程研究中心 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 13 | 工业机器人应用福建省高校工程研究中心 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 14 | 经管学院 | 福建省高校特色新型智库互联网创新研究中心、福建省协同创新院电子商务分院 | 省级 | 省教育厅、省发改委 | ||
| 16 | 闽江学院产业经济与公共政策研究中心 | 省级 | 省新型智库办 | |||
| 17 | 福建省政协经济委员会新型智库基地 | 省级 | 省政协 | |||
| 18 | 福建省高校人文社会科学研究基地海西财政与金融发展研究中心 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 19 | 福建省高校人文社会科学研究基地海洋旅游研究中心 | 厅级 | 省教育厅 | |||
| 20 | 闽侨智库闽江学院研究中心 | 厅级 | 省归国华侨联合会 | |||
| 21 | 美术学院 | 闽江学院漆版画研究中心 | 校级 | 闽江学院 | ||
| 22 | 闽江学院漆艺研究院 | 校级 | 闽江学院 | |||
| 23 | 闽江学院中国漆文化与产业研究中心 | 校级 | 闽江学院 | |||
